Gründer der Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte war der Heidelberger Universitätsprofessor Dr. Joseph Ahlhaus (1886‐1952). Er versicherte sich 1948 der Mitarbeit der mittelrheinischen Bistümer Mainz, Speyer und Limburg und schließlich auch Triers, um unter den schwierigen Umständen der Nachkriegszeit zunächst eine tragfähige Grundlage für eine neue Zeitschrift zu gewinnen. Die Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte wurde zu Beginn als reine wissenschaftliche Kommission organisiert, der Ahlhaus als Präsident vorstand. Sein Nachfolger, Prof. Dr. Theodor Schieffer (1952‐1955), wandelte sie dann in einen überregionalen Geschichtsverein um, der sich nun auch für einen breiteren Adressatenkreis öffnete.

Eine enge Verbindung zum Staatsarchiv/Landeshauptarchiv Koblenz brachten die Präsidentschaften von Dr. Otto Graf von Looz‐Corswarem (1965‐1973) und Prof. Dr. Franz‐Josef Heyen (1973‐1989). Die nachfolgenden Präsidenten vertraten unterschiedliche wissenschaftliche Disziplinen: Rechtshistoriker war Prof. Dr. Pirmin Spieß (1989‐2001), Historiker war Prof. Dr. Franz Staab (2001‐2004), Theologe war Prof. Dr. Peter Walter (2004‐2017). Der derzeit amtierende Präsident, Prof. Dr. Bernhard Schneider, ist Kirchenhistoriker.

1987 wurde das Bistum Fulda als Mitglied der Gesellschaft aufgenommen, seit 1999 war auch das Bistum Erfurt zunächst beratend im Verwaltungsrat vertreten. Am 5. April 2018 wurde das Bistum Erfurt, das durch seine historische Verbindung zum alten Erzbistum Mainz eng mit dem Mittelrhein verbunden ist, als sechstes Trägerbistum in die Gesellschaft aufgenommen.